Los abonos órgánicos completos (contienen los tres nutrientes primarios: nitrógeno, fósforo y potasio) reportan numerosos beneficios al cultivo respecto al uso de fertilizantes químicos e incluso el estiércol.
Frente a la variabilidad del estiércol, garantizan las unidades fertilizantes (N,P,K), así como aseguran la ausencia de semillas de malas hierbas o patógenos que pueden trasladar los estiércoles al cultivo. Además, en agricultura ecológica no están permitidos muchos estiércoles: los procedentes de ganaderías intensivas probablemente estarían contaminados con antibióticos, restos de pesticidas, metales pesados...
Por otro lado, algunos estiércoles muy ricos en macronutrientes como el nitrógeno, si no se mezclan con otros más pobres o con restos vegetales, a pesar del compostaje, tienen tendencia hacia el desequilibrio.
Respecto a los fertilizantes sintéticos, los beneficios son de mayor evidencia, tanto para el cultivo como para el medio ambiente, a corto y, especialmente, a largo plazo.
Aunque el empleo de abonos inórganicos aporta a la planta nutrientes disponibles inmediatamente, es más fácil aplicar en exceso o en deficiencia.
Con la aplicación de abonos orgánicos, los mismos microorganismos de la tierra son los que degradan el fertilizante hasta formar compuestos solubles en agua que las plantas aprovechan. Otra valiosa característica es que logran aumentar la acción de las bacterias y los hongos que benefician el suelo. De hecho, favorecen la proliferación de los hongos responsables de que las plantas aprovechen los nutrientes.
Por tanto, mejoran la estructura del suelo, ayudan a retener los nutrientes, permiten la fijación de carbono en el sustrato y favorecen la capacidad del cultivo para absorber agua.